PCR产物酶切的问题我做的是PCR-RFLP法分析SNP：引物是参照文献设计,takara合成的.订购的是takara的

来源：学生作业帮编辑：拍题作业网作业帮分类：生物作业时间：2024/04/28 14:31:33

PCR产物酶切的问题
我做的是PCR-RFLP法分析SNP：
引物是参照文献设计,takara合成的.
订购的是takara的Taq酶.
PCR 条件也是文献中的,1%琼脂糖电泳显示PCR产物大小为290bp.
用文献报道的Msp I文字1μL,PCR产物10μL,酶切4小时,3%琼脂糖电泳显示产物为310bp.切开的片段应该为168bp和122bp.
为什么酶切产物变大了?为什么PCR产物没有被切开呢?
试了很多次都不行,也换过很多模板,但都是这种情况,takara书上说可能是蛋白质的影响,但是酶切产物电泳同时使用了内切酶提供的10×buffer还是这种情况,是在是困惑!

MspI酶,或者说任何DNA限制酶都有一个最适合的底物浓度去反应,我估计你的PCR产物浓度很大,你不妨考虑一下这一点.
至于你说的酶切产物变大的这个问题,个人认为你用1%的胶去跑290bp的条带是测不准的.其二,3%跑出来显示310bp也不一定是这个大小,极有可能是你根本就没有切开.你不妨把你酶切的东西回收起来测序去看看到底是什么东西,看看到底切开了没有.

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