本人从测序公司得到序列以后,但不知道是否是自己需要的,

来源：学生作业帮编辑：拍题作业网作业帮分类：综合作业时间：2024/04/29 04:18:09

本人从测序公司得到序列以后,但不知道是否是自己需要的,
序列中没有上游引物序列,靠近末端只有下游引物序列的一部分.三个序列是同一种生物的.这些序列如果把前面和后面几个不同碱基删去,剩下中间几百个碱基就完全相同了.比如：GCGGGAAATTTCGCGTAGCGGT.ACGTGCG
TCTAGAAATTTCGCGTAGCGGT.ACGTGCGG
GACTAGAAATTTCGCGTAGCCGT.ACGTGCGGT请问这是否就是我所需要的,中间相同的碱基是否是同源序列.
以上字母为三个同种生物的序列，三个序列长度不同。

按照LZ说如果中间都比对上了那么测出的序列应该就是你需要的了
在测序开头的前几十个碱基是不可信的,同时一次测序最多能到800bp,所以从800bp左右开始出来的碱基也是不可信的了（如果测的质量不好有的时候从700甚至是600开始就出现不可信的碱基了）
同时如果你想测到上游或下游引物那么只单单的测一个方向反应是没法测出的,因为测序刚开始的碱基是无法测出的.
同时在测出的序列中前十几个碱基也是不可信的,所以只进行一个反应是无法将上游引物测出的.
并且如果你的序列大于800的话那么只测一个方向也是无法测出下游引物的.
如果你想要测出上游或下游引物,你可以在靠近上下游引物的地方在设计个引物进行测序即可测出.

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