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以革兰氏阳性菌基因组为模板,目的片段500bp左右,体系为,模板1μL,dNTP 2μL,引物1μL,Taq 0.2μL

来源:学生作业帮 编辑:拍题作业网作业帮 分类:生物作业 时间:2024/05/16 02:34:24
以革兰氏阳性菌基因组为模板,目的片段500bp左右,体系为,模板1μL,dNTP 2μL,引物1μL,Taq 0.2μL
退火温度是50°C,但是PCR后没有目的条带,只要二聚体,引物已经设计两次了,请问可能是什么问题?
1 退火温度不好,可以把退火温度设置一个梯度,比如说45℃到55℃,再试一试.
2 高温变性没有做好,看基因片段的CG含量来设置变性温度,CG含量高,变性温度就要相对高点.
3 引物还是没有设计好.也有这个可能
再问: 但是,我要特定的片段长度,所以引物的可变的范围很小,而且我要做融合PCR,下游引物带有18个bp的尾巴,不知道有没有影响。GC的含量是正常的,合成的引物单上Tm值是60和65°C,我就是怕跑不出来,特地把退火温度设成50度?请问还有没有其他原因造成这种情况,不然我可能还是要归结到引物的问题上
再答: 貌似一般来说退火温度=Tm-5,那就是55跟60了,一般PCR仪器可以把梯度设置个10~15℃的,把这两个温度设置进去,跑得试一下看有没有结果。再没有,估计得着引物的问题了。