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为什么基因测序失败?都提纯了基因,跑了电泳有结果,测序上游引物有成功,下游引物却没有?为什么?

来源:学生作业帮 编辑:拍题作业网作业帮 分类:综合作业 时间:2024/05/16 13:28:24
为什么基因测序失败?都提纯了基因,跑了电泳有结果,测序上游引物有成功,下游引物却没有?为什么?
1、你测的是片段?引物是自己设计的吗?下游测不出来有可能是引物不佳.之前是否用此引物测过?
2、你的片段多长?必须双向测通吗?如果必须双向的话,不妨连接载体,比如T载体什么的,然后提质粒出来,用载体上的通用引物测,会好一些.
3、实在无法解决,可以让测序公司根据上游的测序结果自行设计引物,多测几个反应,直到测通.这样费用要高一些.
再问: 是双向测通,以前没用过,如果下游引物不佳,为什么还能扩增,跑出电泳呢?如果是测序公司的原因也有可能吧?你的建议蛮好的,连接T载体。
再答: 看来你是用PCR引物直接做测序引物了。虽然很多情况下的确可以通用,但是不排除有时候不能的情况...测序引物要求纯度高,而且退火温度比PCR严格些。还是用通用引物测最省事,涂板摇菌也不耽误多少时间...
再问: 通用引物和自己设计的那引物测序有什么不同么?为什么不都用通用引物呢?
再答: 通用引物都是经过很多次验证的,肯定能够测出来的。而PCR引物根据基因的不同,每个都不一样,仅验证了PCR能够成功,但测序并未验证过,所以成功率肯定比不上通用引物。 测序引物对Tm、GC%、长度、同源性、二级结构、纯度等指标上都比PCR引物严格,比如你的引物Tm在65度,55度退火一样能P出条带,但是测序就不行了。所以有时会出现能P出来但测不出的情况。 “为什么不都用通用引物呢”,呃,反正我们实验室测序90%都是用通用引物,自己设计引物的时候极少...能用的时候肯定用的...