作业帮有关蛋白质结构预测问题
来源：学生作业帮 编辑：拍题作业网作业帮 分类：综合作业 时间：2024/04/28 23:54:59
有关蛋白质结构预测问题
我现在有一段蛋白质序列
MTDRLVHISN NSYGTNIMRG DAGMLINYWG QWCAPCRLMAPLIEDVADQF EGRMCVARAD
INEDPGTAKP FGLKGIPTVI LYRNGEILASKVAAATKANL REWMEAKLG
1、请问用什么网上的软件预测此序列二级结构比较好?
2、如何预测此序列三级结构并构图?
3、如何去评估这预测三级结构的质量?
4、What is the distance (in Angstroms) between:
a) the CA atom of residue 42 and the CB atom of residue 45?
b) the N atom of residue 1 and the C atom ofresidue 109?
5、Residues 80-90 的 phi/psi torsion angles 是多少?
6、在PDB数据库里面哪个蛋白质的结构跟题目蛋白质的结构最像?
7、这个蛋白质的名字或功能可能是什么?
我现在有一段蛋白质序列
MTDRLVHISN NSYGTNIMRG DAGMLINYWG QWCAPCRLMAPLIEDVADQF EGRMCVARAD
INEDPGTAKP FGLKGIPTVI LYRNGEILASKVAAATKANL REWMEAKLG
1、请问用什么网上的软件预测此序列二级结构比较好?
2、如何预测此序列三级结构并构图?
3、如何去评估这预测三级结构的质量?
4、What is the distance (in Angstroms) between:
a) the CA atom of residue 42 and the CB atom of residue 45?
b) the N atom of residue 1 and the C atom ofresidue 109?
5、Residues 80-90 的 phi/psi torsion angles 是多少?
6、在PDB数据库里面哪个蛋白质的结构跟题目蛋白质的结构最像?
7、这个蛋白质的名字或功能可能是什么?
你问的问题太多了.这是一个复杂的工程,你还是自己慢慢摸索,基本上我摸索就是通过自己看文献和在EXPASY网上自己看的,http://www.expasy.org/tools/#ptm.
再问： 我现在卡在用EXPASY的SWISS-MODEL输入序列之后只有预测出序列5-109的3D结构图，请问如何对预测的PDB档案进行加工和如何知道缺的序列怎么补？我现在在用SWISS的deepviewer，实在不懂怎么弄。。
再答： 就几个碱基没有，已经很好了，而且你预测的结构就能保证每个碱基的准确性吗，只能作为参考。而且预测到的结构其EVALUE值必须小于10-5，接近于0，才是可靠的。不一定要预测三级结构的，你可以预测你蛋白的结构域。你这个蛋白是胞外蛋白，信号识别功能？
再问： 这是一个生物信息的课程，要我们分析这序列然后去做修改3D结构图和评估结构。请问如何根据这个结构来做4567的分析?
再答： 这个太专业了，爱莫能助。
再问： 我现在卡在用EXPASY的SWISS-MODEL输入序列之后只有预测出序列5-109的3D结构图，请问如何对预测的PDB档案进行加工和如何知道缺的序列怎么补？我现在在用SWISS的deepviewer，实在不懂怎么弄。。
再答： 就几个碱基没有，已经很好了，而且你预测的结构就能保证每个碱基的准确性吗，只能作为参考。而且预测到的结构其EVALUE值必须小于10-5，接近于0，才是可靠的。不一定要预测三级结构的，你可以预测你蛋白的结构域。你这个蛋白是胞外蛋白，信号识别功能？
再问： 这是一个生物信息的课程，要我们分析这序列然后去做修改3D结构图和评估结构。请问如何根据这个结构来做4567的分析?
再答： 这个太专业了，爱莫能助。