谁能告知下有木有关于基因测序拼接的原理的文章（中英都行）

来源：学生作业帮编辑：拍题作业网作业帮分类：语文作业时间：2024/04/27 06:36:41

谁能告知下有木有关于基因测序拼接的原理的文章（中英都行）
除了一二代测序原理,我还想知道那些什么contigs、scafford等是怎么拼接的,这是生物信息的内容吧,能介绍几篇文章吗?

contigs的意思是：将邻接片段部分覆盖并连接起来；即染色体片段的克隆,两个片段通过有重叠部分推断出两者相互邻接,逐步把它们拼接起来形成序列更长的重叠群.这是通过一些拼接软件来实现的,例如：DNASTAR等；软件的使用说明请参阅：http://clouds7.blog.163.com/blog/static/1804760752011530113424347/
基因组中的scaffold是：将可以拼接的片段经过重叠拼接后形成contigs,若干的contigs根据另外的酶切信息或其他可以作为“路标”的标记信息而拼接,可以形成各个contig在染色体上的线性排列或是相对位置关系,这样的排列就形成了scaffold.换言之,scaffold是众多的contig拼接结果.
那么片段拼接到什么程度才能算是一个scaffold呢?这个应该没有定值,根据实验目的确定不同的严谨度,跟contig的拼接是类似的.
再问：请问，contigs在拼接成scafford时也是之间会有很多重叠吗？因为在NCBI的mapviewer中比如XX物种X号染色体，网站给出的信息都是一段段的contigs而不是整条染色体的全序列。那么我怎么才能获得这条染色体的全序列呢？是要我自行拼接吗？见下图：请高人解释下什么意思：
再答：手工拼接比较困难，还是需要通过一些拼接软件来帮助拼接。例如：CodonCodeAligner和Sequencher属于比较专业的拼接软件。 Geneious 和CLC bio 是比较新的拼接软件，支持第二代测序拼接，也包括一些不太全的其他分析功能。其他的综合软件也都支持拼接，但是相对选项少些，不过也能满足绝大多数要求。可以到http://www.bio-soft.net/ 去看看。

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