作业帮NCBI的blast上query cover
来源：学生作业帮助网 编辑：作业帮 时间：2024/04/17 07:00:54
正链和反链不就是互补的吗,为什么你还要测两条链?似乎没有必要把,只要测定一条链就OK了.把测出来的序列,粘贴到在NCBI上BLAST序列输入框中blast一下,得到比对的结果里头如果有完全配对的,看看
直接把你的基因blast基因组,基因3’UTR一般有个polyA的标志.另外,推荐使用UCSC（google之）,和基因组相关的这个网站做的不错
ncbi主页进入blast进入nucleotideblast将序列粘入窗口中选择nucleotidecllection（nr/nt）选项进行比对就可以了出来的序列相似性最高的就是你的目的序列再问：这一
带引号的都是一些数据库中的编号最前面几行是基因的名称染色体位点以及相关的文献的一些信息
1）输入fasta格式序列2）选择核算比对
什么跟什么说的太不清楚饿了只要你需要的那段序列是对的不就行了嘛跟引物序列有啥关系毕竟大部分的PCR引物设计都是在需要的序列两端隔一段距离而且如果你测序是拿PCR引物测的话那前面的几十个碱基都是测不准的
对序列匹配程度进行评分后得出的分值
不能,要用多序列比较程序,如clustalw.
Querycoverage表示的是所比对序列与目标序列的覆盖度identity表示的是所比对序列与目标序列的相似度.不同的衡量标准,如果是看进化地位,建议建树后比较同源性.
NCBI在线Blast的图文说明本文详细出处参考：http://liucheng.name/475/关于Blast的文章:http://liucheng.name/tag/blast/
首先说明,如果想从蛋白质入手找基因序列,由于同源性较低,不推荐这么做,但是你执意如此,不是没有办法,就是成功率比较低.第二,蛋白质N端起始都是M,你检测出的D是因为没有到起始位置,还是蛋白质有后修饰加
把你的序列输入框里,然后就点BLAST,就好啦
将你需要比对的蛋白质序列选中,在BLAST界面EnterQuerySequence下面的大框中输入,如果是和数据库所有的蛋白质序列进行比对,再下面的ChooseSearchSet中选择你需要比对的数据
直接看不就行了,选了序列,然后点上去,自动跳转……不行就加扣2980364611,这个实验室都该讲的啊……再问：我只是在做我的本科生毕业论文，所以不咋看得懂，我现在主要就是结果那块看不懂，不知道怎么分
先到：选择Nucleotide-nucleotideBLAST(blastn)然后在Search旁边那个大方框里填你要寻找的序列,然后点BLAST!然后按Format!这时会弹出一个新的窗口,慢慢等个
看性质可以翻译一下在看嘛
NCBI对Blast的原理和结果有专业的说明http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/tutorial/Altschul-1.html
+号表示的是相似性质的氨基酸残基.
序列标签位点sequence-taggedsite,是已知核苷酸序列的DNA片段,是基因组中任何单拷贝的短DNA序列,长度在100～500bp之间.任何DNA序列,只要知道它在基因组中的位置,都能被用
你这匹配一致性都算不上高的,当然我也不知道你匹配的是什么了.覆盖率高但一致性低,说明两个序列本身的一致性就很低,进化亲缘性远覆盖率低但一致性高的话,可能在进化上还是有一定亲缘性的,只是某个片段存在较多